学校有8个博士学位授权一级学科、47个博士学位授权二级学科，11个博士后科研流动站，29个硕士学位授权一级学科、154个硕士学位授权二级学科，8个硕士专业学位类别；2个国家级重点学科，1个国家重点（培育）学科；6个“211工程”重点建设学科群、16个自治区级重点学科、2个自治区重点（培育）学科。
石河子大学
拥有5个一级学科博士学位授权点，涵盖25个二级学科博士学位授权点；23个一级学科硕士学位授权点，144个相关二级学科硕士学位授权点；9种硕士专业学位授权类别，84个本科专业，4个博士后流动站（科研工作站）。
新疆农业大学
该校专业涵盖农、理、工、经、管、文、法等七大学科门类。建有有6个博士后科研流动工作站，6个博士学位一级学科授权点，18个硕士学位一级学科授权点，7个专业学位硕士授权点。